Motoko Kusanagi, cyborg et hacker, est approchée par l'officier de sécurité publique Daisuke Aramaki pour enquêter sur un attentat visant un trafiquant d'armes soupçonné d'être lié à la mystérieuse organisation 501. Mais malgré son aide, Motoko est soupçonnée par Batou d'être une criminelle impliquée dans plusieurs affaires...
