Le fils d'un fabricant a reçu une formation de monteur et est devenu assistant réalisateur à la SDR à Stuttgart en 1954. Il y a travaillé par la suite comme réalisateur de télévision et à la fin des années 1950, il a suivi Helmut Jedele à Bavaria Film près de Munich. De 1959 à 1963, il a été directeur en chef, après quoi il a travaillé en tant que freelance. Avec ses émissions novatrices, il est rapidement devenu le réalisateur de télévision le plus connu d'Allemagne. En 1967, il a réalisé le spécial télévisé musical primé A Man and His Music plus Ella plus Jobim pour Frank Sinatra, avec Ella Fitzgerald et Antônio Carlos Jobim, aux États-Unis. Il a vécu avec Tina Sinatra, la fille de Sinatra, à Munich à la fin des années 1960. Il a réalisé notamment la série télévisée de la ZDF Wünsch Dir was et au cours des années 1973 à 1979 la série télévisée comique Klimbim. Il avait entretenu une relation avec Ingrid Steeger, actrice dans Klimbim, pendant cinq ans à partir de 1974. En 1990, Pfleghar a fondé l'association Lobby für Kinder avec Ursula Pfeiffer à Nuremberg. L'association aide les enfants en détresse. Michael Pfleghar a été marié aux chanteuses pop Bibi Johns (1960-1962) et Inge Brück (divorce à la fin des années 1960) ; entre-temps, il a eu une relation avec Heidi Brühl. De 1981 à 1990, il a été le deuxième mari de Wencke Myhre et père de leur fils Michael (né en 1982). Une fille est née d'une liaison avec Corinne Pulver. Il s'est tiré une balle en 1991 dans l'appartement de son ami Hubert Maessen, un publicitaire, à Düsseldorf. Pfleghar a été enterré dans la tombe familiale du cimetière forestier à Stuttgart-Degerloch.
