Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
''Kenji Koyama, truand et escroc, s'intéresse à la modeste Yassue. La compagne de Kenji s'arrange pour que Yasue soit compromise dans un hôtel avec son patron, mais Kenji la sauve. Avec son frère Senko, Kenji décide de trouver un travail honnête et devient laveur de vitres.''
1965, une station spatiale japonaise est détruite par des ovnis, alors qu' une série de catastrophes inexplicables s'abat sur le monde. Venise est engloutie sous les eaux et, après la destruction du Golden Gate par un missile spatial, il devient évident que la Terre est l'objet d'une attaque extraterrestre lancée depuis la Lune.
