Dans la ville minière de Hakoniwa, vivent une fille nommée Kagari qui dessine des cartes et son ami d'enfance Yuya qui rêve de quitter ces mines. En effet, l’endroit est un véritable labyrinthe en perpétuel évolution et les accidents de puits qui sévissent de plus en plus souvent ne laissent rien supposer de bon pour l’avenir. Kagari l’ignore, mais le destin de la ville est entre ses mains…
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En 75 de notre ère, les combats continuent. Il y a des mouvements indépendantistes, et des agressions de Blue Cosmos... Afin d'apaiser la situation, une agence mondiale de surveillance de la paix appelée COMPASS est créée, avec Lacus comme premier président. En tant que membres de COMPASS, Kira et ses camarades interviennent dans diverses batailles régionales. Puis une nation nouvellement créée appelée Foundation propose une opération conjointe contre un bastion de Blue Cosmos.
