A l'époque du déclin des Samouraïs, Seibei, un samouraï de basse caste, veuf avec 2 filles, est amené à dévoiler ses dons de guerrier. Son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle. Contraint d'accepter, Seibei entame néanmoins le dialogue avec son ennemi et découvre un vassal comme lui, asservi par le système des clans.
De retour d'un séjour à Taïwan, Yoko visite une librairie à Jimbocho, le quartier des bouquinistes de Tokyo. C'est Hajime qui dirige la boutique. Ce garçon silencieux qui enregistre le bruit des trains qui traversent la ville va aider la jeune femme dans ses recherches sur un compositeur taïwanais.
A la fin de l'ère des Shoguns et des samouraïs, Munezo et Samon tentent de se réinsérer en travaillant la terre. Munezo est amoureux de Kie, issue d'une caste inférieure, qu'il a poussée à divorcer. Un jour, leur ancien chef de clan vient leur demander d'éliminer Hazama, un compagnon de sabre et ami, accusé de complot.
Yamaoka et Fujieda étaient kamikazes pendant la seconde guerre mondiale. Ils ont survécu, dans un sentiment de culpabilité et de désarroi. Apprenant le suicide de son vieux compagnon d'armes, Yamaoka cherche à comprendre. Entre pélerinage et mémoires, il entame un périple qui, bien qu'empruntant les voies du passé, le conduira vers son futur...
