Il commence sa carrière dans les années 90 avec Carl Barât. Ils montent ensemble le groupe, The Libertines. Leur premier album, Up The Bracket, sort en 2002. Mais l'addiction de Pete Doherty à la drogue rend la communication difficile au sein du groupe. Pourtant un second opus sort en 2004, sous le nom de The Libertines. Il est le dernier du groupe qui se sépare ensuite.
Pete Doherty fonde en 2003, un second groupe, les Babyshambles avec Patrick Walden à la guitare, Drew McConnell (basse) et Adam Ficek (drums). Le talent et les frasques de Pete rendent le groupe célèbre en un temps records. Le groupe a deux albums au compteur : Down in Albion (2005) et Shotter's Nation (2007).
Après ces deux aventures, Pete Doherty propose un album solo en mars 2009, intitulé Grace/ Wastelands. Sur ce disque, on peut retrouver les musiciens des Babyshambles.
