Prédispositions ou fardeau familial, le jeune trentenaire va construire sa carrière petit à petit en évitant de marcher dans l'ombre de son père. Il commence le plus simplement du monde en participant, de temps en temps à quelques albums de sa mère, Yoko Ono : Season of Glass (1981). Il inscrit aussi à la fac mais décide très rapidement de revenir vers la musique.
A la fin des années 1980, il participe à plusieurs projets. En 1988, il fait partie du John Lennon: Imagine, un documentaire sur la vie de son père. En 1991, il organise un grand rassemblement d’artistes autour du titre Give Peace a Chance, pour protester contre la première guerre du Golfe. Ces deux projet lui permettent de faire de multiples rencontres dont Lenny Kravitz et les membres du Groupe de Hip Hop, les Beastie Boys.
Il participe dans la foulée à un des albums phare de Lenny Kravitz, Mama Said (1991) et continue à participer activement à la carrière musicale de sa mère en l’accompagnant sur scène. Puis il fait écouter ses compositions à Adam Yauch, la moitié des Beastie Boys qui décide alors de produire sur son propre label le premier album solo de Sean, Into the Sun (1998).
Très bien accueilli par la presse, les professionnels et le public, Sean continue son ascension hors des majors et label commerciaux. Au début de l'année 2000, Sean participe à la compilation, At Home with the Groovebox, avec Air, Beck et bien d’autres. En 2006, il livre son deuxième opus, Friendly fire.
