La fille d'un professeur démocrate tombe amoureuse d'un militant pacifiste. Mais dans le Japon des années 30, il ne fait pas bon d'avoir certaines idées.
Tokyo, 1887. Sugata Sanshiro, le plus célèbre des judokas, accepte à contrecoeur d'affronter un champion d'une nouvelle discipline : la boxe. Mais ce combat n'est rien en comparaison de la vengeance des frères de Higaki, adeptes du karaté, qui provoquent Sanshiro dans un ultime combat aux pieds nus au sommet d'une montagne enneigée.
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Le Japon au milieu du 19è siècle. Sanjuro, un samouraï qui a perdu son emploi, montre ses talents à Tazaemon, un marchand de soie et à Tokuemon, le fabriquant de sake qui se livrent une guerre sans merci au détriment de la vie du village. Devant le mépris de Tazaemon, Sanjuro encourage les deux bandes à s'entretuer...
En 1882, Sanshiro Sugata débarque dans un port japonais pour apprendre le jiu-jitsu auprès du maître Momma. Il découvrira par l'intermédiaire d'un autre grand maître le judo et assistera à l'affrontement des deux écoles.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.
Amoureux de sa secretaire, un riche industriel fait commettre un meurtre dans le but de faire emprisonner le fiance de celle qu'il aime et y parvient. Au cours d'un voyage d'affaires sur un bateau, la jeune femmme pour echapper a son patron devenue trop pressant tombe a l'eau et echoue sur une ile habitee par des naufrages.
Dans le quartier d'Asakusa, à l'époque d'Edo, éclate un conflit entre un clan féodal et un groupe de ronins, samouraïs sans maître.
D'étranges visiteurs puissants et prétendument pacifiques, les Mysterians, récemment débarqués sur la Terre, demandent au gouvernement de leur fournir quelques jolies jeunes femmes afin de perpétuer leur race en voie d'extinction.