Depuis, il collabore sur les différentes productions du studio, en tant qu'animateur, lay out man et storyboarder. Il développe d'autre part son propre travail d'auteur réalisateur En 1991-92 il réalise les lay-out et l'animation de certains épisodes de la série Mine de rien.
Il participe en 1992, en tant que co-animateur de l'équipe française, au premier marathon est-ouest des jeunes créateurs en dessins animés. Le but de ce marathon est de réaliser un film de trente secondes en une semaine sur une musique donnée.
Entre 1993 et 1995, il réalise son premier court métrage intitulé Paroles en l'air dont l'univers est proche de ceux de Charles Trénet, Jacques Prévert et Paul Grimault. Le film est nominé au cartoon d'or en 1997.
De 1996 à 1997, il est animateur, lay out man et storyboarder sur la série Ma petite planète chérie, série éducative sur l'environnement. Dans la continuité, il anime le facteur Grand Jacques du conte de noël L'enfant au grelot.
En 1997, Sylvain Vincendeau rencontre Julie Serpinet, directrice artistique de la compagnie Songes, avec qui il collabore sur Songe au ciel, projet alliant danse et cinéma d'animation sur scène. Il réalise à cette occasion le court métrage Songe au ciel pour le spectacle, projeté derrière la danse par bribes à la manière du souvenir.
En 1999, il donne vie au jardinier du spécial T.V Patate et le jardin potager.
En parallèle à ces créations "classiques", il participe en 2000 à la pièce jeune public de la compagnie Songes, intitulée Goutte à goutte. Il intervient sur scène pour faire naître en direct un film d'animation sous les yeux des spectacteurs, en utilisant la technique de pellicule grattée. Le film intitulé lui aussi Goutte à goutte est à chaque fois similaire dans la thématique et différent dans les choix de dessins et de mouvements réalisés dans l'instant.
En 2002, Sylvain Vincendeau bénéficie d'une résidence à Montréal par le biais des Pépinières Européennes pour Jeunes Artistes dans le studio Productions et Réalisations Indépendantes de Montréal. Il y développe deux projets en parallèle : Trente minutes à peu près, pièce chorégraphique et théâtrale de Julie Serpinet présentée au théâtre La Chapelle, pour laquelle il réalise des vidéos qu'il gère en direct chaque soir de représentation en fonction des nécessités de la pièce.
Il y développe également une nouvelle collaboration avec la compagnie Songes : Il met en place une nouvelle technique de cinéma d'animation adaptée au spectacle faisant appel aux nouvelles technologies de l'image : la pixillation instantanée. L'idée étant de créer en direct des petits films en animation, en utilisant les corps des danseurs-acteurs comme matière première de l'image. Si demain..., ce nouveau challenge de réalisation voit le jour en avril 2003.
Enfin, Sylvain Vincendeau développe un projet à plus long terme qui lui tient à coeur depuis déjà quelques années : une adaptation de l'oeuvre de Chrétien de Troyes en un moyen métrage d'animation intitulé Le chevalier au lion. Il est réalisateur et co-scénariste de ce film d'animation qui a déjà reçu le soutien du programme MEDIA de l'union européenne pour l'écriture de scénario... affaire à suivre !
En 2006 sort dans nos salles son troisième court métrage intitulé La tête dans les étoiles soutenu par la région Rhône Alpes, Arte et Caran d'ache. Ce film a obtenu le prix du festival d'Annecy 1998, concours de projets. Il est également animateur de la tortue du long métrage La prophétie des Grenouilles de Folimage.
