Selon une légende urbaine, un mystérieux tunnel offre à celui qui ose s’y aventurer ce qu’il désire de plus cher… Mais à un prix: le temps s’écoule à un autre rythme rendant l’expérience dangereuse. Kaoru, un jeune lycéen, vit tant bien que mal depuis la disparition de sa petite sœur. Un jour, il découvre par hasard le tunnel, mais se rend compte qu’il est suivi par Anzu, une jeune fille venant d’arriver dans le même lycée. Elle lui propose son aide pour tenter l’expérience. Mais que va-t-elle lui demander en échange ?
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Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?
