Un message est arrivé de Kid the Phantom Thief, selon lequel il volera une épée japonaise appartenant à la riche famille Onoe à Hakodate, Hokkaido. Conan et Heiji Hattori, qui se trouvaient à Hakodate, sont sur le coup pour capturer Kid. Par coïncidence, l'avocat de la famille d'Onoe est retrouvé assassiné dans le quartier des entrepôts, apparemment abattu par une épée japonaise. Le suspect est un investisseur/trafiquant d’armes qui serait à la recherche du trésor caché de la famille Onoe. Au Nord, parmi les cerisiers en fleurs, la passionnante chasse au trésor commence !
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Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Maglev, la « Balle japonaise » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d’atteindre 1000 km/h, sera inauguré à l’ouverture des JSM. Lors d’une fête organisée pour les sponsors des jeux, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées.
Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.
