Bernard et Bianca, deux souris appartenant a la mission ''SOS Compagnie'' partent a la recherche d'une petite fille orpheline ayant ete kidnappee. Leur enquete va les conduire chez la terrible Madame Medusa ou ils devront affronter ses deux terribles animaux de compagnie : des crocodiles...
En Australie, le cruel braconnier Percival McLeach a kidnappe le petit Cody afin qu'il lui revele la cachette de Marahute, un aigle magnifique qu'il convoite. Des souris alertent S.O.S. Societe a New York. Les deux meilleurs agents, Bernard et Bianca, sont depeches au pays des kangourous pour mener a bien cette mission de sauvetage.