Ruiné par la mort de King Kong, dont il voulait faire une attraction de foire, l'explorateur Carl Denham organise une expédition sur l'île de Skull Island où fut capturé jadis le gorille. Hilda, la fille d'un propriétaire de cirque l'accompagne. Leur surprise est grande lorsqu'ils découvrent Kiko, le fils de King Kong...
Encore traumatisé par la mort de Kong, Carl Denham décide de quitter définitivement New York. Il s'embarque pour une nouvelle expédition vers l'île de Kong, afin de terminer le travail qu'il n'avait pu achever lors de son précédent voyage. Une mutinerie éclate bientôt à bord du navire....
Une équipe de cinéastes en tournage dans une île de Malaisie capture un singe monstrueux vénéré par les indigènes et le ramène à New-York. Là, le monstre s'échappe et se réfugie au sommet de l'Empire State Building après avoir enlevé pour la seconde fois la vedette féminine du film, déjà captive sur son île.