XXIème siècle. L'informatique régit le monde. Femme-flic, le Major Kusanagi utilise ses dons de cyber-policier pour traquer le ''Puppet Master'', esprit criminel né du Projet 2501, qui hante et manipule à sa guise tous les réseaux. A l'origine du développement de ce fléau, le ministère des Affaires Etrangères décide d'éliminer Kusanagi...