Helmut Qualtinger est né à Vienne, en Autriche. Il a d'abord étudié la médecine, mais a abandonné ses études universitaires pour devenir journaliste et critique de cinéma pour la presse locale, tout en commençant à écrire des textes pour des spectacles de cabaret et des pièces de théâtre. Qualtinger a fait ses débuts en tant qu'acteur au théâtre étudiant et a suivi des cours en tant qu'auditeur libre à la Max Reinhardt Seminar.
À partir de 1947, il s'est produit dans des spectacles de cabaret. En 1949, sa première pièce de théâtre, Jugend vor den Schranken, a été mise en scène à Graz. Jusqu'en 1960, Qualtinger a collaboré à divers programmes de cabaret avec l'Ensemble des Anonymes, composé de Gerhard Bronner, Carl Merz, Louise Martini, Peter Wehle, Georg Kreisler et Michael Kehlmann.
Qualtinger était célèbre pour ses farces. En 1951, il a réussi à faire publier un faux communiqué dans plusieurs journaux annonçant la visite à Vienne d'un (fictif) célèbre poète inuit nommé Kobuk (auteur de « L'Igloo en feu »). Les journalistes rassemblés à la gare ont cependant vu Qualtinger descendre du train, vêtu d'un manteau de fourrure et d'un bonnet. Interrogé sur ses « premières impressions de Vienne », le « poète inuit » a commenté avec un fort accent viennois : « Haaaßis'sdo - [Il fait chaud ici] ».
La courte pièce en solo Der Herr Karl, écrite par Qualtinger et Carl Merz et jouée par Qualtinger en 1961, a fait connaître l'auteur dans tous les pays germanophones. « Herr Karl », un commis d'épicerie, raconte l'histoire de sa vie à un collègue imaginaire - depuis l'époque de l'empire des Habsbourg, la Première République autrichienne, le régime austrofasciste menant jusqu'à l'Anschluss (annexion) par l'Allemagne nazie, la Seconde Guerre mondiale et enfin l'occupation militaire par les forces alliées dans les années 1950, du point de vue d'un homme qui incarne l'opportuniste type. Le portrait que Qualtinger fait du petit-bourgeois collaborateur nazi est arrivé à un moment où la « normalité » venait à peine d'être rétablie et où l'implication des Autrichiens dans le mouvement nazi était minimisée et « oubliée », ce qui a fait beaucoup d'ennemis à l'auteur, qui a même reçu des menaces anonymes de mort.
À partir des années 1970, Qualtinger s'est fréquemment produit dans des récitals de ses propres textes et de ceux d'autres auteurs, notamment des extraits du Mein Kampf d'Adolf Hitler et de Die letzten Tage der Menschheit (Les Derniers Jours de l'humanité) de Karl Kraus. Ces récitals ont connu un grand succès et ont donné lieu à la publication de plusieurs disques.
Qualtinger a joué d'innombrables rôles au théâtre, à la télévision et au cinéma, sa dernière apparition étant dans Le Nom de la rose en 1986, aux côtés de Sean Connery.
Qualtinger est mort à Vienne le 29 septembre 1986, des suites d'une maladie du foie.