Diplômé de l'Edinburgh Academy et de l'Université d'Aberdeen, il a poursuivi sa formation de comédien à la Royal Academy of Dramatic Art à Londres, où il a obtenu la Bancroft Medal. Il a été nommé au Laurence Olivier Theatre Award du meilleur comédien en 1999 pour sa prestation dans The Blue Room face à Nicole Kidman.
Il a été cité en 1997 au Laurence Olivier Award du meilleur comédien dans une comédie musicale pour Martin Guerre. Il a également été cité pour La chasse aux sorcières avec la Royal Shakespeare Company. Il a aussi joué Macbeth au Tron Theatre et Henry V avec la Royal Shakespeare Company. Il a en outre été salué pour ses prestations dans Silent Scream et Hedda Gabler au Duke of York's Theatre à Londres.
En 1985, Iain Glen passe du théâtre au petit écran avec un rôle dans la très populaire série policière britannique Taggart, puis 2 ans plus tard, fait ses débuts au cinéma dans Will you love me tomorrow d'Adrian Shergold. On le retrouve par la suite dans des films comme Gorilles dans la brume de Michael Apted, ou Rosencrantz et Guildrenstern sont morts de Tom Stoppard.
Il obtient le Prix d'interprétation masculine du Festival de Berlin pour son interprétation d'un tueur dans le film Silent scream en 1990, réalisé par David Hayman. La même année, il est salué pour son portrait de l'explorateur John Hanning Speke, un personnage réel, dans Aux sources du Nil de Bob Rafelson.
Après avoir incarné un reporter sportif dans la série Glasgow Kiss, il est salué pour sa prestation face à Angelina Jolie dans Lara Croft : Tomb Raider de Simon West. Il joue ensuite dans The young americans de Danny Cannon, Beautiful creatures de Bill Eagles, Gabriel & meE d'Udayan Prasad, Darkness de Jaume Balaguero et L'âme en jeu de Roberto Faenza avant de camper un anthropologue dans Man to man de Régis Wargnier en 2005.
Plus récemment, il a incarné Richard Coeur de Lion dans le film de Ridley Scott Kingdom of heaven et a joué dans La dernière légion de Doug Lefler, Mrs. Ratcliffe's Revolution de Billie Eltringham, Small engine repair de Niall Heery. Iain Glen incarne le docteur Isaacs dans le 2ème et le 3ème Resident Evil.
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