Jean Guillou, organiste titulaire des grandes orgues de l'église Saint-Eustache, est avant tout un compositeur qui a su faire reculer considérablement les limites techniques du jeu instrumental, pour élaborer et développer, depuis ses jeunes années, plus ou moins secrètement, un monde musical singulier et d'une grande individualité, mais que la notoriété de l'interprète a laissé quelque peu dans l'ombre. Jean-Philippe Hodant a soutenu une thèse de doctorat à la Sorbonne, intitulée "Rhétorique et Dramaturgie dans l'oeuvre musicale de Jean Guillou", travail consacré notamment à l'étude de trois compositions majeures : La Chapelle des Abîmes, Judith-Symphonie (pour mezzo-soprano et grand orchestre) et Hypérion. Son postulat était de faire apparaître que l'art de Jean Guillou consiste en la création d'une rhétorique musicale autonome s'apparentant à un discours littéraire : récit musical qui enferme et contient également des gestes dramatiques, se fait stylisation dramaturgique délivrant un langage parfaitement structuré, se confondant en un même geste poétique.
C'est dans ce sens que Jean Guillou tend à façonner un nouvel orgue, plus poétique et plus riche, en exploitant la nature multiple et complexe de cet instrument. Il est ainsi créateur d'une facture instrumentale novatrice, avec les orgues de l'Alpe d'Huez, du "Chant d'oiseaux" à Bruxelles, du Conservatoire de Naples et de la Tonhalle à Zurich. Cette conception de l'orgue est d'ailleurs la clef de son ouvrage L'Orgue, Souvenir et Avenir, qui en est à sa troisième édition. Ce livre évoque toute l'histoire de l'orgue depuis le IIIe siècle avant notre ère, jusqu'à la description de ses propres instruments et son "Orgue à Structure Variable". Avec son nouveau projet pour la salle de concerts de Tenerife d'un orgue divisé en 8 buffets et 12 corps sonores, Jean Guillou invente l'orgue dramaturgique, jouable sur une console de 4 claviers, mais aussi par 12 organistes.
Par son enseignement au Meister Kursus de Zurich, depuis 1970, il a formé des organistes du monde entier. Pianiste, Jean Guillou ressuscite la Sonate pour piano de Julius Rubke, élève de Liszt, mort à 24 ans après avoir laissé deux chefs d'oeuvre : cette Sonate pour piano et la Sonate pour orgue que Jean Guillou est le seul à avoir enregistrées et jouées ensemble au concert. Il a aussi inauguré en 2002, au Teatro Olimpico de Vicenza et à l'Opéra Royal de Versailles, Le piano-pédalier Borgato. Outre de nombreux textes et poèmes, il a écrit le texte pour Alice au Pays de l'Orgue, ainsi que les poèmes pour ses Cantates Aube, pour 12 voix et orgue, le Poème de la Main pour soprano et piano, et Echo pour choeur et ensemble instrumental. En 2002, il a créé son Colloque N° 7 pour piano et orgue, à l'occasion de l'inauguration de la Philharmonie de Dortmund, et son Colloque N° 8, pour marimba et orgue en 2003. S'intéressant particulièrement à l'alliance de l'orgue avec d'autres instruments, Jean Guillou a écrit cinq concertos pour orgue et orchestre, des oeuvres pour violoncelle et orgue, violon et orgue, trompette, clarinette... Son 6ème Concerto pour orgue et orchestre a été créé en 2004.
