Après quelques années de remise en question, il signe chez Virgin en 1987 et sort un nouvel album Cheyenne Autumn en 1989 qui se vend à plus de 100 000 exemplaires. Sa carrière est lancée. Depuis, 6 albums ont vu le jour, dont Le moujik et sa femme en 2002 et Lilith en octobre 2003.
Il réalise une série d'auto-portraits pour un ouvrage Le dragon a cent visages vendu exclusivement lors de ses concerts. En 2004, il utilise un nouveau support, le DVD, intitulé Parfum d'acacia au jardin et réalisé par Don Kent. Il s'agit d'un reportage sur les répétitions de 13 chansons inédites. Un an plus tard à peine, il sort un nouvel album A bird on a poire et part en tournée.
En 2005, Jean-Louis Murat revient avec Moscou (Mockba écrit en cyrillique sur la pochette - sortie: 14 mars 2005). Pour cet opus il a su s'entourer d'invités de marque comme Fred Jimenez, Stéphane Reynaud, Dickon Hinchliffe, Carla Bruni, Camille ou encore Mely Ruben, sans jamais rompre le charme de cet album intimiste et lyrique, qui ne craint pas les notes humoristiques, dans la pure tradition du rythm'n blues.
En 2006, il publie Taormina qui connait un succès relatif avec 45 000 exemplaires vendus. Pendant l'année 2007, il s'attaque à deux monstres sacrés de la culture française en reprenant des poèmes de Charles Baudelaire mis en chanson par Léo Ferré qui avait demandé avant sa mort à sa famille de les utiliser un jour. L'année 2009 voit la sortie de l'album Le Cours ordinaire des choses, enregistré par Christophe Dupouy à Ocean Way, Nashville (TN, USA), où ont enregistré : Ray Charles, Eric Clapton, Radiohead, Red Hot Chili Peppers, Rolling Stones.
Sorti en septembre 2011, Grand lièvre marque le retour de Murat à une musique enregistrée volontairement en live. Toujours prolixe mais singulier, le chanteur revient en mars 2013 avec le disque Toboggan.
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