Jean-Xavier de Lestrade devient réalisateur indépendant en 1990. Il concentre son travail sur les thèmes qui le passionnent : la société et ses tabous. La violence sexuelle, la folie, la mort, l’exclusion, les dérapages de la mécanique judiciaire deviennent les personnages centraux de ses films. Des films qui seront souvent faits avec la complicité de son frère jumeau Thierry.Il réalise ainsi, en 1993, Viols et châtiments, qui raconte la dérive de trois agresseurs sexuels. Le témoignage de ces hommes qui dévoile sans détour la violence intérieure qui les poussaient au crime est si dérangeant que le film n’a jamais été diffusé. Il enchaîne en 1994 et 1995 avec deux films, qui seront remarqués dans plusieurs festivals, sur les rapports de l’inceste et la justice : La Cavale des innocents, et L’Inceste face à la justice.C’est à cette époque que Jean-Xavier de Lestrade rencontre Denis Poncet qui produira tous ses prochains films. Il réalise alors un film sur un sujet qui le hante : la mort. La Vie jusqu’au bout, est un voyage initiatique aux confins du derniers des tabous et aborde de front le mystère de la fin de vie.Un an plus tard, en 1998, Jean-Xavier de Lestrade réalise Une Australie blanche et pure qui révèle le premier génocide du XXème siècle dont furent victimes les Aborigènes d’Australie. Ce film, qui a obtenu le FIPA d’Or, montre comment un Etat démocratique a délibérément planifié la disparition de la race et de la culture aborigène.Après Des enfants pleins d’espoir et D’un amour à l’autre, Jean-Xavier de Lestrade crée en 1999, avec Denis Poncet, la société Maha Productions.Il réalise en 2000 un film sur le génocide rwandais : 800 000 hommes, femmes, enfants assassinés en moins de trois mois et pour la plupart à coups de pierres et de machettes. Le film, La Justice des hommes, suit une jeune avocate qui part cinq semaines défendre ceux qui ont commis le plus odieux des crimes.Il enchaîne, comme un prolongement de cette réflexion sur la justice, avec Un coupable idéal qui nécessitera 18 mois de travail. Le film, qui raconte l’histoire d’un adolescent noir accusé à tort du meurtre d’une touriste en Floride, connaît un succès retentissant. Diffusé dans plus de trente pays, il reçoit un Oscar en mars 2002. Jean-Xavier de Lestrade décide alors de tourner un autre film centré sur un fait divers qui devait être au départ être conçu comme un long métrage de 1h45 et qui, trois ans plus tard, se transforme en une série de 6h20. C’est The Staircase (Soupçons) qui reçoit aux Etats-Unis, trois prix prestigieux : Le IDA Award, le DuPont Columbia Award et le Peabody Award.En 2008, il passe à la fiction en réalisant Sur ta joue ennemie avec Robinson Stevenin et Fanny Valette.
