En 1996, attirée par la chorégraphie, "Pietra" comme elle se fait également appeler, crée "Corsica", pièce inspirée de l'Ile de Beauté d'où elle est originaire. En 1998, elle se lance pour de bon et succède à Roland Petit à la tête du Ballet National de Marseille. Elle a l'ambition d'y mener une politique artistique très personnelle et y présente des classiques ("Roméo et Juliette", "Giselle") dans des versions modernisées. En 1999, très sensible au thème de la femme-artiste exigeante et tourmentée, elle crée "Sakountala" qui retrace la vie de Camille Claudel et particulièrement son enfermement dans un asile psychiatrique. En 2003, elle signe "Ni Dieu, ni maître", spectacle qui mêle la danse et la musique sur la vie et l'oeuvre de Léo Ferré, artiste dont elle admire la poésie et l'engagement.En mars 2004 Marie-Claude Pietragalla quitte le Ballet National de Marseille après avoir passé six ans à sa tête et s'exprime à ce sujet, en déclarant qu' "Après une expérience passionnante à Marseille mais décevante dans son issue, je tourne mon regard vers mon parcours artistique et vers les multiples rencontres humaines et professionnelles."Ainsi, en 2005, elle va vers une nouvelle aventure artistique, et crée sa propre compagnie indépendante La Pietragalla Compagnie. La première création de cette formation s'intitule "Souviens-toi..."
