Né en 1946 dans la province d'Anvers, Jan Deceir entame des études aux Beaux-Arts avant de se consacrer à l'art dramatique. Il commence par jouer dans des films dès les années 60 qui sont, pour la plupart, réalisés pour la télévision.
Il débute au cinéma avec le film Mira de Fons Rademakers puis devient, peu à peu, un second rôle récurrent du cinéma belge. Jan Deceir devient professeur au Studio Herman Teirlinck à Anvers pendant douze ans pour enseigner l'art dramatique avant de démissionner. Stijn Coninx l'engage à plusieurs reprises : Koko Flanel, Daens ou encore Soeur Sourire, biopic consacré à Jeannine Deckers avec Cécile de France dans le rôle titre.
Plusieurs fois, il refusera des projets ambitieux (tels Eyes wide shut de Kubrick), préférant se consacrer au théâtre.
A noter aussi sa participation à Antonia et ses filles de Marleen Gorris, oscar du meilleur film étranger en 1995.
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