Huit mois après la disparition de leur fils, Becca et Howie redonnent peu à peu un sens à leur vie. Howie tente de nouvelles expériences tandis que Becca préfère couper les ponts avec une famille trop envahissante. Contre toute attente, elle se rapproche du jeune homme responsable de la mort de leur enfant. Cette relation étrange va permettre à Becca d'être enfin en paix avec elle-même.
A New-York, Sofia, sexologue qui n'a jamais connu l'orgasme, rencontre Severin, maîtresse dominatrice décidée à l'aider. Pendant ce temps, 2 de ses patients, James et son compagnon Jamie, songent à ouvrir leur sexualité à un 3ème partenaire, Ceth. Tous se croisent au ''Shortbus'', lieu hors-normes où politique, art et sexe se mélangent.
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Hedwig le travesti est la star du rock la plus étonnante et la plus méconnue du monde. Elle sillone les states, multipliant les concerts miteux, dévoilant pourtant un indéniable talent. En même temps, elle poursuit Tommy Gnosis, celui qu'elle a tant aimé et qui, lui, a connu le succés. Avec des chansons à elle, mais sans elle...
Cinq voyous sont dans un centre de reeducation dans les Everglades. Ils sont obliges de lutter contre les elements et contre eux-même. Leur reinsertion va se poursuivre dans un maison experimentale a Miami où il est difficile de resister aux tentations.
Londres, dans les années 1970. Un adolescent timide et amateur de musique punk et ses deux amies se rendent clandestinement à une fête où elles rencontrent un groupe de femmes un peu mystiques. En réalité, elles viennent d'un autre monde, ce sont des extraterrestres.