Né à Mostaganem, en Algérie, Mohamed Chouikh débute sa carrière comme comédien au théâtre, dans une troupe qui constitue le socle de ce qui deviendra plus tard le Théâtre National Algérien.
Elevé en pleine guerre d'Algérie, il n'a que 20 ans lorsque l'idnépendance est proclamé et participe avec enthousiasme aux balbutiements de l'industrie locale en compagnie des pionniers algériens que sont Tewfik Farès et Mohamed Lakhdar Hamina. Il est ainsi leur acteur fétiche participant au premier grand succès algérien primé à Cannes, Le Vent des Aurès (1967) etobtenant un des premiers rôles du premeir film algérien en couleurs, Les Hors-la-loi (1969), fresque mise en scène par Tewfik Farès.
À partir du début des années 70, il commence à s'intéresser à l'écriture, se lançant avec la sobriété qui le caractérise dans la réalisation de deux films destinés à la télévision algérienne : "L'embouchure" (1972) et "Les Paumés" (1974). Ses deux coups d'essai lui permettent alors d'envisager une carrière de cinéaste, ambition qui trouve son accomplissement dès 1982 avec La Rupture, son premier film de cinéma puis La citadelle, 6 ans plus tard.
Peintre d'une société algérienne fragilisée, pleine de fractures, son oeuvre commence alors à traverser les frontières, notamment avec Youcef, la légende du 7ème dormant, allégorie autour d'un ancien combattant persuadé d'être toujours prisonnier de l'armée française, présentée à Berlin et à Venise en 1993. Malgré les difficultés du cinéma algérien, il continue à filmer et poursuit une oeuvre riche et sensible avec L'Arche du désert (1997) et Douar de femmes (2005).
