Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.
Le jeune Sammy Fabelman tombe amoureux du cinéma après que ses parents l'ont emmené voir The Greatest Show on Earth. Armé d'une caméra, Sammy commence à faire ses propres films à la maison, pour le plus grand plaisir de sa mère qui le soutient.