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La jeune Emu O'Hara assiste à 2 meurtres perpétrés par le mystérieux tueur Crying Freeman. Consciente qu'elle doit mourir à son tour, elle lui demande de devenir son amant avant de la tuer. En agissant ainsi, elle le délivre du conditionnement hypnotique qui le transformait. Les amants s'enfuient, traqués par les ex-employeurs de Freeman...
Le Japon médiéval vit sous d'interminables guerres. Un navigateur britannique Blackthorne, échoue dans un village de pêcheurs où le chef, Toranaga, le fait accéder au rang de samouraï. En échange Blackthorne apprend à Toranaga que le Japon est écrasé par le pouvoir des missionnaires jésuites portugais.
Un trafiquant d'armes ayant denonce ses complices est poursuivi par ces derniers et par la police. Dans sa fuite il recontre un chien dont il se fait un fidele compagnon.
