Un jour pendant les vacances d'été, un petit alien de la taille d'une paume de main nommé Papi émerge d'une petite fusée que Nobita ramasse. Il est le président de Pirika, une petite planète de l'espace lointain, et est venu sur Terre pour échapper aux rebelles. Doraemon et ses amis sont déconcertés par la minuscule taille de Papi, mais en jouant ensemble avec le secret "Lumière Rétracteur", ils deviennent progressivement amis. Cependant, un vaisseau de guerre spatial en forme de baleine arrive sur Terre et attaque Doraemon, Nobita et les autres pour capturer Papi. Se sentant responsable d'avoir entraîné tout le monde dans cette affaire, Papi décide de s'opposer aux rebelles. Doraemon et ses amis se dirigent vers la planète Pirika pour protéger leur cher ami et sa demeure.